基于RNA-seq技术挖掘影响贵州黄鸡肌内脂肪沉积的关键基因

• 作者: 王小亚 陈大海 饶永超 杨德凤 唐宏 林家栋 张福平
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 贵州黄鸡 转录组测序(RNA-seq)技术 肌内脂肪沉积 候选基因
• 年，卷（期）: 2022,（1）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告|Articles and Letters
• 页码范围: 85-95
• 页数: 11页
• 分类号: S831
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2022.01.008

摘要

肌内脂肪(intramuscular fat,IMF)含量是衡量肉品质的重要指标之一.但肌内脂肪含量的沉积受遗传、环境和营养水平因素的影响.不同的品种、品系,甚至同一品系不同个体间肌内脂肪的沉积均有差异.本研究以贵州黄鸡(Gallus gallus domesticus)为研究对象,旨在探讨不同个体间IMF含量的差异,并通过转录组测序(RNA-seq)技术分析贵州黄鸡鸡肉中IMF沉积的分子调控机理.选择相同条件下饲养、体重相近的120日龄贵州黄鸡母鸡30只,屠宰后逐只测定胸肌IMF含量.根据肌内脂肪含量高低分为2组:高IMF组(H组,n=4)和低IMF组(L组,n=4).采用RNA-seq技术测序,挖掘影响贵州黄鸡肌内脂肪沉积的差异表达基因,并对差异表达基因进行GO功能注释和KEGG通路富集分析.结果发现,高IMF含量和低IMF含量2个组胸肌组织测序共筛选出259个差异表达基因,其中有64个基因表达上调,195个基因表达下调;随机选择6个基因进行qPCR验证,发现qPCR结果与测序结果一致,证明测序结果可靠.KEGG信号通路分析发现粘着斑、细胞外基质(extracellular matrix,ECM)-受体相互作用、肌动蛋白细胞骨架调节、细胞黏附分子和TGF(transforming growth factor)-β信号通路等5条信号通路显著富集.在粘着斑、ECM-受体相互作用、TGF-β信号通路与PPAR信号通路上发现钙蛋白酶2(calproteinase 2,CAPN2)、Ⅰ-1 型胶原蛋白链(collagen type Ⅰ alpha 1 chain,COL1A1)、COL1A2、胶原 Ⅵ 型 α1 链(collagen type Ⅵalpha 1 chain,COL6A1)、COL6A2、COL6A3和脂蛋白 1(lipin1,LPIN1)、磷脂转运蛋白(phospholipid transfer protein,PLTP)等基因是影响贵州黄鸡IMF沉积的关键基因.本研究所鉴定差异表达基因可作为IMF沉积的关键基因,为今后进一步探索家禽IMF沉积的分子调控机理提供参考.