miRNA-148a-3p的生物信息学分析及其在小鼠不同组织中的表达水平检测

• 作者: 刘芳君 蓝吴涛 马悦悦 李鹏飞 张磊 朱芷葳
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 生物信息学 miR-148a-3p 表达 功能 癌症
• 年，卷（期）: 2022,（2）
• 所属期刊栏目: 遗传育种|ANIMAL GENETICS AND BREEDING
• 页码范围: 414-422
• 页数: 9页
• 分类号: S813.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2022.02.009

摘要

旨在研究小鼠不同组织中miR-148a-3p的表达情况,并对其进行生物信息学分析,构建miR-148a-3p基因相关网络,进一步阐明其在机体中的作用.本研究以6周龄雄性C57BL/6 J小鼠胃、肺、脾、皮肤、肝、心和肾7个组织为研究材料,每组3个重复,进行3次平行试验.利用qRT-PCR技术比较小鼠不同组织中miR-148a-3p的表达水平.在miBase上对miR-148a-3p在不同物种间的保守性进行分析,并通过Promoter Scan和TRANSFAC预测其转录因子结合位点.利用TargetScan、PicTar和miRanda预测miR-148a-3p的靶基因并取交集,并进行GO和KEGG分析.利用Cytoscape构建TF-miRNA mRNA互作网络.qRT-PCR结果显示,在所有组织中,miR-148a-3p在脾中的表达水平最高(P＜0.001),肝次之(P＜0.001),在皮肤、胃、心、肾、肺中的表达水平逐渐降低.经预测bata-pol、CREB、E4F1、NF-S等多个转录因子可以与miR-148a-3p结合并调控其表达.GO富集和KEGG通路分析表明,miR-148a-3p的靶基因主要参与离子转运、乙酰胆碱激活的阳离子选择性通道活性、构成细胞质膜等功能;并参与TGF-β、肥厚性心肌病和黏附连接等通路.由70个点和70条边构成了TF-miRNA-mRNA互作网络,包含5个转录因子和63个mRNAs.结果 表明,miR-148a-3p在小鼠脾组织中高表达且受到多种转录因子调控,与癌症发展密切相关.