军曹鱼响应低氧胁迫转录组SNP位点鉴定及其功能注释分析

• 作者: 杨二军 杨林桐 王维政 黄建盛 张健东 王忠良 陈刚
• 来源期刊: 海洋学报（中文版）
• 学科: 农学
• 关键词: 军曹鱼 低氧胁迫 转录组测序 免疫基因 单核苷酸多态性
• 年，卷（期）: 2022,（1）
• 所属期刊栏目: 论文|Article
• 页码范围: 113-124
• 页数: 12页
• 分类号: S965.3
• 语种: 中文

摘要

为了研究低氧胁迫下军曹鱼肠道转录组中单核苷酸多态性(SNP)标记位点及SNP所在基因SNP-Unigene的作用,通过SOAPsnp软件对军曹鱼幼鱼对照组和低氧胁迫转录组测序结果进行SNP检测,并将其比对到GO、KOG、KEGG数据库进行功能注释.结果显示,军曹鱼转录组SNP位点分布在26120条SNP-Unigene上,共检测到431845个SNP位点,SNP平均发生频率约为1/171 bp;SNP-Unigene功能注释发现,在低氧胁迫条件下,军曹鱼SNP-Unigene主要涉及信号转导、传染病、癌症和内分泌系统等信号通路.进一步筛选到3417条SNP-Unigene被注释到MAPK信号通路等35条与免疫相关的通路中.基于转录组差异基因分析,检测了其中7个重要免疫通路中18个免疫相关基因的SNP位点分布情况.同时,也检测了HIF-1信号通路中PIK3CA等8个差异基因的SNP位点分布情况.研究结果将为进一步挖掘免疫及低氧相关SNP的分子遗传标记奠定基础,为军曹鱼低氧适应机制的深入研究提供科学参考.