谷子miR169家族及其靶基因的鉴定与功能分析

• 作者: 卢平 康庆芳 赵孟瑶 张凤洁 武强强 马芳芳 王宇珅 韩渊怀 王兴春 李雪垠
• 来源期刊: 作物杂志
• 关键词: 谷子 miRNA miR169 靶基因 生物信息学
• 年，卷（期）: 2022,（2）
• 所属期刊栏目: 遗传育种·种质资源·生物技术
• 页码范围: 54-63
• 页数: 10页
• 语种: 中文
• DOI: 10.16035/j.issn.1001-7283.2022.02.008

摘要

microRNA广泛参与植物中多个生长发育过程,miR169家族是最保守的miRNA家族之一.对谷子miR169(sit-miR169)家族进行生物信息学分析,包括染色体分布、系统进化、碱基保守性、二级结构和sit-miR169及其靶基因的表达.鉴定了 15个sit-miR169,分布于7条染色体上.系统进化分析显示,sit-miR169家族前体sit-MIR169大致可以分为2簇,部分sit-MIR169成员与水稻osa-MIR169家族成员亲缘关系较近.sit-miR169的前体均可形成稳定的二级茎环结构,成熟体均产生于前体的5'端臂上,且成熟序列的碱基保守性很强.sit-miR169在花、叶和根中均有表达,具有明显组织表达特异性.sit-miR169的靶基因主要是NF-YA转录因子基因,此外还有L型凝集素类受体蛋白激酶、ω-6脂肪酸去饱和酶、转运蛋白Sec1a、SDG40蛋白、环指跨膜蛋白和核糖体大亚基假尿苷合酶SVR1基因等.miR169通过调控靶基因,尤其是NF-YA的表达量来影响植物的生长发育和对环境的应答.谷子NF-YA基因主要在根和穗中表达,表现出明显的组织表达特异性.此外,sit-miR169靶基因的表达受环境诱导,如干旱条件能进一步诱导Seita.9G521100基因在根中的表达.