油菜miR156基因家族及其靶基因生物信息学分析及鉴定

• 作者: 刘婧琳 刘红芳 华玮 李晓康 郑明
• 来源期刊: 中国油料作物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 油菜 miR156 序列分析 分子进化 靶位点序列
• 年，卷（期）: 2018,（2）
• 所属期刊栏目: 遗传育种
• 页码范围: 163-173
• 页数: 11页
• 分类号: S565.403
• 字数: 6094字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7505/j.issn.1007-9084.2018.02.001

摘要

为阐明油菜miR156基因家族的进化过程以及与靶基因的作用位点,分析了油菜miR156基因家族的序列特征、进化模式和候选靶基因,共获得35个bna-miR156基因,对应44个成熟序列.这些bna-miR156基因分布在油菜的17条染色体上,其中C3染色体上分布着5个bna-miR156基因.bna-miR156基因在产生成熟序列的区域高度保守,而其它位置保守性较低,进化分析结果显示bna-miR156家族可以分为5个分支,家族成员分布较为分散,位于同一条染色体上的bna-miR156基因并没有表现出更近的亲缘关系.另外,系统发育分析结果显示SBP-box基因在双子叶植物油菜、拟南芥中存在相似的进化模式,进一步发现只有部分BnaSBP家族基因拥有bna-miR156的作用位点,其中30个BnaSBP基因的靶位点位于编码区,11个位于3'UTR.一些拥有bna-miR156作用位点的BnaSBP具有组织表达特异性,因此bna-miR156可能与BnaSBP相互作用,调控油菜生长发育过程.