A型塞内卡病毒SVA/CH-GX01-2020株全基因组特征分析

• 作者: 王睿敏 施开创 冯淑萍 尹彦文 龙凤 陆文俊 屈素洁 .广西水牛研究所 .广西动物疫病预防控制中心
• 来源期刊: 南方农业学报
• 学科: 农学
• 关键词: A型塞内卡病毒;病毒分离;系统发育进化树;基因组特征;遗传变异
• 年，卷（期）: 2025,（11）
• 所属期刊栏目: 畜牧·兽医·水产·蚕桑
• 页码范围: 261-270
• 页数: 10页
• 语种: 中文

摘要

【目的】通过对A型塞内卡病毒（SVA）广西分离株全基因组特征进行深入分析，了解其病原特征和分子流行病学特点，为有效防止疫情暴发和流行提供理论依据。【方法】对2020年采集自广西的病料进行病毒分离，通过RTPCR检测和间接免疫荧光试验（IFA）进行鉴定。对SVA分离株全基因组进行分段扩增和测序后，采用Lasergene 7.1拼接序列，使用MegAlign将SVA分离株全基因组序列与国内外不同年份的55株SVA代表毒株进行比对，利用MEGA11.0构建系统发育进化树。【结果】经鉴定分离到1株SVA，命名为SVA/CH-GX01-2020株。SVA/CH-GX01-2020株基因组全长为7250 bp，开放阅读框（ORF）编码2181个氨基酸残基。与国内外不同年份的55株SVA代表毒株进行比对，结果显示，SVA/CH-GX01-2020株与国内外SVA分离株全基因组的核苷酸序列及其推导氨基酸序列的相似性分别为93.3%～98.7%和97.3%～99.6%，其中，与美国经典毒株SVV-001和ATCC PTA-5343全基因组相似性较低。遗传进化分析发现，SVA/CH-GX01-2020株与美国经典毒株SVV-001和ATCC PTA-5343亲缘关系较远，与大多数中国分离株聚在同一分支，亲缘关系较近，与广西分离株SVA/GX/CH/2018亲缘关系非常近。进行氨基酸序列比对分析发现，与美国经典毒株SVV-001、中国首株分离株CH-01-2015、广西分离株SVA/GX/CH/2018相比，SVA/CH-GX01-2020株氨基酸突变位点主要集中在非结构蛋白3D区域，在结构蛋白VP4和非结构蛋白2A区域相对保守。【结论】SVA/CH-GX01-2020株具有其独特的遗传变异特点，不同地域的SVA毒株亲缘关系远近程度不同，临床流行毒株具有遗传多样性，应加强疫情监测和流行病学调查。