蛋白质序列与EST序列的反翻译联配

• 作者: 丁达夫 张少洁 张文 汤海旭
• 来源期刊: 生物物理学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 测序误差 移框误差 反翻译 蛋白质-EST联配
• 年，卷（期）: 2000,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 322-333
• 页数: 12页
• 分类号: Q61
• 字数: 6656字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1000-6737.2000.02.019

摘要

随着大规模测序技术的进步,收录到数据库中的序列增长很快,其中大多是未知功能的ESTs(表达序列标签,Expressed Sequence Tags).一般通过蛋白质-EST序列联配来实现EST的功能提示.由于EST含有5%左右的测序误差,特别严重的是其中的移框误差,用通常的方法将EST按6个阅框翻译为蛋白质序列再进行联配难以处理移框误差问题.通过考虑EST序列各种可能的测序误差,将氨基酸序列反翻译为核苷酸序列,在核酸水平直接进行序列联配,用以实现蛋白质与EST序列的精确匹配,并对EST序列的移框误差进行识别与校正.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张文	中国科学院上海生物化学研究所	47	635	13.0	24.0
2	丁达夫	中国科学院上海生物化学研究所	14	123	4.0	11.0
3	张少洁	中国科学院上海生物化学研究所	1	0	0.0	0.0
4	汤海旭	中国科学院上海生物化学研究所	2	0	0.0	0.0