自噬基因APG5基因结构的生物信息学分析

• 作者: 彭心昭 朴英杰 陈英
• 来源期刊: 遗传学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 生物信息学 基因结构 可变性剪切 自噬 凋亡
• 年，卷（期）: 2001,（11）
• 页码范围: 1077-1084
• 页数: 8页
• 分类号: Q751
• 字数: 3689字
• 语种: 中文

摘要

利用生物信息学手段对一种与人类细胞凋亡有关的基因-- 自噬基因(Autophagy 5,简称 APG5 )的基因组全序列进行拼接和基因结构分析,同时该基因的一个新的可变性剪切变异体( APG5 β)被首次证实及报道.利用PCR技术从人胚脑cDN A文库和B细胞cDNA文库中调取 APG5 基因,装入绿色荧光蛋白pEGFP-C1表达载体,测序确定其核苷酸序列,进行数据库搜索.该基因组全序列分散在核酸序列数据库GenBank的几个不同序列条目中.将相关克隆的基因组序列做相似性比对,用DOTPLOT方法确定其相互位置关系,并进行序列拼接,得到全长基因.利用GenScan、Genefinder等基因识别软件确定其内含子、外显子、转录起始位点、加尾信号等,分析其基因结构,在此基础上进一步分析其cDNA中外显子数目和排列顺序,证实了从B细胞cDNA文库中克隆所得的 APG5 为一种可变性剪切变异体.利用生物信息学工具,成功地拼接出全长为150kb人类 APG5 基因基因组全序列,确定其有8个外显子.根据剪切位点的特性找出其在序列中的位置,分别计算出内含子、外显子的长度,首次证实并报道 APG5 β是第3外显子缺失的可变性剪切变异体.将验证确实的 APG5β转染至人肝细胞株和HeLa细胞株,在共聚焦激光显微镜下可观察到其在细胞凋亡时的特异表达.在后基因组研究中生物信息学的应用有非常广阔的前景,对可变性剪切所产生的蛋白多样性分析提供了一种辅助分析手段.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	朴英杰	第一军医大学中心实验室	77	730	14.0	22.0
2	彭心昭	第一军医大学中心实验室	10	84	6.0	9.0
3	陈英	第一军医大学中心实验室	14	98	5.0	9.0