SARS冠状病毒的密码子偏爱性分析

• 作者: 王艳 郑文岭 马文丽
• 来源期刊: 生命科学研究
• 学科: 生物学
• 关键词: SARS冠状病毒 密码子偏爱性 蛋白编码序列的密码子异质性(CHIPS) 密码子使用频率计算(CUSP)
• 年，卷（期）: 2003,（3）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 219-223
• 页数: 5页
• 分类号: Q786
• 字数: 2146字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1007-7847.2003.03.006

摘要

为了分析SARS(Severe Acute Respiratory Syndrome)冠状病毒的密码子偏爱性(codon preference),为SARS冠状病毒基因表达中宿主系统的选择提供参考.运用EMBOSS(The European Molecular Biology Open Software Suite)的CHIPS(Codon Heterozygosity in a Protein-coding Sequence)和CUSP(Create a codon usage table)程序对SARS冠状病毒的6个编码蛋白的基因进行分析,并将这6个编码序列拼接在一起进行全基因组的密码子偏爱性分析.分析结果与大肠杆菌、酵母及人的密码子偏爱性进行比较.结果显示SARS冠状病毒的CHIPS分析Nc(effective number of codons)值为53.338,S、E、M、N蛋白、3CL水解酶、RNA聚合酶的Nc值分别为45.733,61.000,59.040,46.618,46.924,51.902.编码SARS冠状病毒A, P, R, S, T, L等氨基酸的不同密码子使用频率有较大差异.大肠杆菌有25个、酵母有12个、人有20个密码子与SARS冠状病毒密码子使用偏爱性差异较大.因此可以得出结论:编码SARS冠状病毒氨基酸的密码子出现的频率较均一.SARS冠状病毒的密码子偏爱性与真核生物较接近,与原核生物相差较远,其基因表达选择在酵母等真核系统可能更为合适.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	马文丽	第一军医大学分子生物学研究所	136	1135	16.0	27.0
2	郑文岭	广州军区广州总医院医学实验科	200	1451	18.0	26.0
3	王艳	第一军医大学分子生物学研究所	7	98	5.0	7.0