猪细小病毒NS1基因密码子偏爱性分析

• 作者: 于吉锋 叶勇刚 廖党金 曹冶 李兴玉 李江凌 王秋实 罗丹丹 谢晶
• 来源期刊: 中国动物传染病学报
• 学科: 农学
• 关键词: 猪细小病毒 NS1 密码子偏爱性
• 年，卷（期）: 2012,（5）
• 所属期刊栏目: 简报
• 页码范围: 60-67
• 页数: 8页
• 分类号: S852.659.2
• 字数: 2956字
• 语种: 中文

摘要

为给猪细小病毒（Porcineparvovirus，PPV）主要非结构蛋白（NS1）基因选择良好的宿主表达系统提供参考依据，本研究运用EMBOSS在线分析软件的CHIPS和CUSP程序对PPVNS1基因进行密码子偏爱性分析。结果显示PPVNS1基因的CAI值为0．642，ENC值为39．703，这表明NS1在密码子使用上存在较明显的偏爱性，且第三位核苷酸尤其偏爱A或T；从与PPVNS1基因密码子使用频率比值上看，使用频率差异较大的在大肠杆菌有33个、酵母有26个、人有27个；PPVNS1基因共有71个大肠杆菌稀有密码子，并且还有多个稀有密码子多次串联成簇出现的情况。结果表明酵母等真核生物与其密码子偏爱性较为接近，可作为该基因体外表达宿主的首选。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	廖党金		69	317	11.0	13.0
2	谢晶		41	141	6.0	9.0
3	曹冶		30	77	4.0	6.0
4	李兴玉		29	98	5.0	8.0
5	李江凌		29	77	4.0	6.0
6	罗丹丹		17	35	4.0	4.0
7	于吉锋		18	22	3.0	3.0
8	王秋实		15	26	3.0	4.0
9	叶勇刚		28	49	4.0	4.0