改进的自组织映射(SOM)蛋白质折叠算法和计算实现

• 作者: 吴凌云 王勇 章祥荪 詹钟炜
• 来源期刊: 系统科学与数学
• 学科: 数学
• 关键词: 蛋白质折叠 结构预测 自组织映射 HP模型
• 年，卷（期）: 2005,（5）
• 页码范围: 562-573
• 页数: 12页
• 分类号: O1
• 字数: 8983字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-0577.2005.05.006

摘要

蛋白质结构预测是生物信息学中的重要研究方向.为了研究蛋白质折叠的机理,人们引入了只考虑蛋白质疏水核心和亲水外围位置导致能量差别的简化HP模型.即使是求解二维HP模型已被证明是一个NP完全问题,因此需要设计有效的近似算法来求解较大规模的HP模型.从旅行商问题(TSP)的求解看,自组织映射是构造近似算法的有效工具.本文将归一化的F-W自组织模型应用到蛋白质二维HP问题的求解中,结合为克服多重映射构造的局部线搜索算法.数值试验表明,该算法改进了现有的HP模型的SOM求解算法,只需很少的迭代步数就能找到最低能量构象.这一改进算法可以成为进一步研究的基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王勇	中科院数学与系统科学研究院	15	135	7.0	11.0
2	章祥荪	中科院数学与系统科学研究院	5	99	4.0	5.0
3	吴凌云	中科院数学与系统科学研究院	2	26	2.0	2.0
4	詹钟炜	中科院数学与系统科学研究院	1	3	1.0	1.0