全基因组预测目标基因的新方法及其应用

• 作者: 冯晶 张菁晶 朱英国 李阳生
• 来源期刊: 遗传
• 学科: 生物学
• 关键词: 基因预测 Perl HMM 全基因组 PPR TPR
• 年，卷（期）: 2006,（10）
• 所属期刊栏目: 技术与方法
• 页码范围: 1299-1305
• 页数: 7页
• 分类号: Q3
• 字数: 5941字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:0253-9772.2006.10.019

摘要

运用隐马尔可夫模型, 利用Perl编程, 以几种模式生物的蛋白质数据库为基础, 构建了目标基因的全基因组预测的新方法.该方法具有高通量, 准确度高且操作简易等优点, 特别在多结构域蛋白家族预测上更显优势.应用该方法对几种模式生物的全基因组PPR和TPR蛋白家族进行了预测, 其中粳稻日本晴中含有536个PPR蛋白、199个TPR蛋白;籼稻9311中含有519个PPR蛋白、177个TPR蛋白;拟南芥中含有735个PPR蛋白、292个TPR蛋白;红藻中6个PPR蛋白、32个TPR蛋白;蓝细菌以及古细菌中没有PPR蛋白, 但蓝细菌含有10个TPR蛋白, 古细菌有4个TPR蛋白, 并对所得结果进行了进一步生物信息学分析.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	朱英国	武汉大学生命科学院植物发育生物学教育部重点实验室	89	2402	25.0	45.0
2	李阳生	武汉大学生命科学院植物发育生物学教育部重点实验室	41	652	16.0	25.0
3	张菁晶	武汉大学生命科学院植物发育生物学教育部重点实验室	1	7	1.0	1.0
4	冯晶	武汉大学高科技研究与发展中心	2	8	1.0	2.0