幽门螺杆菌基因组表达谱芯片的研制

• 作者: 刘文忠 史耀舟 张庆华 萧树东 赵国屏 韩跃华
• 来源期刊: 微生物学通报
• 学科: 医学
• 关键词: 幽门螺杆菌 基因组 表达谱芯片
• 年，卷（期）: 2007,（1）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 6-9
• 页数: 4页
• 分类号: R117
• 字数: 3214字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.0253-2654.2007.01.002

摘要

以H.pylori 26695 和J99作为模板,采用多聚酶链反应(PCR)扩增得到所需要的开放阅读框(open reading frame,ORF)片段.使用Genemachine点样仪进行点样,采用随机九聚体、Cy3-dCTP或Cy5-dCTP和SuperscriptⅡ标记H.pylori RNA标本,完成芯片杂交过程.数据判断标准是标化后Cy3/Cy5比值(ratio)≤0.5为基因表达上调,若ratio值≥2.0则为表达下调.采用芯片重复性、信噪比评估芯片质量,应用RT-PCR反应验证芯片结果.研制的H.pylori基因组DNA芯片共包括1636个ORF,其中H.pylori 26695为1549个,J99为87个.表达谱数据分析显示大多数阵列具有显著高于背景的杂交信号,信噪比(S/N)≥2的基因点数约占总基因数的87.76%.芯片内点间重复率约为94.05%.通过RT-PCR反应显示,在所选择的20个基因中,大部分基因的RT-PCR结果与芯片检测结果一致.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张庆华		16	148	6.0	12.0
2	刘文忠		11	86	7.0	9.0
3	萧树东		26	193	9.0	13.0
4	韩跃华	浙江大学医学院附属第二医院消化科	8	18	2.0	4.0
5	赵国屏		4	75	3.0	4.0
6	史耀舟		2	10	1.0	2.0