坛紫菜EST-SSR筛选及其在遗传多样性分析中的实用性

• 作者: 严兴洪 孔凡娜 杨惠 王莉 茅云翔
• 来源期刊: 中国海洋大学学报(自然科学版)
• 学科: 生物学
• 关键词: 坛紫菜 微卫星序列 EST-SSR 多样性分析
• 年，卷（期）: 2009,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 265-270
• 页数: 6页
• 分类号: Q943.2
• 字数: 3603字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5174.2009.02.015

摘要

微卫星标记作为1种重要的分子标记,在分子标记辅助育种及遗传图谱构建中都起到重要的作用.EST文库搜索法是获得微卫星标记的途径之一, 本研究对坛紫菜EST数据库中6*!035条序列进行搜索,发现340条EST包含SSR序列,其中三碱基重复最多,占总数45.95%;其次是两碱基重复,占总数的45.38%;再次是六碱基和五碱基,分别占总数的5.78%和2.02%;四碱基最少,仅占总数的0.87%.在两碱基中AG,GA,TC,CT类型数量最多,占所有两碱基SSR的82.8%;在三碱基中CCG,CGC,GCC,GGC,GCG,CGG类型数量最多,占所有三碱基SSR的52.83%;其它重复次数中,各种类型所占比例相差不大.进一步比较坛紫菜与条斑紫菜EST-SSR序列,发现2种紫菜SSR类型及比例存在明显差异.根据EST-SSR序列设计合成了10对引物,其中4个位点在8个不同来源坛紫菜叶状体间存在多态性,说明从坛紫菜EST中筛选的SSR标记可以用于进行坛紫菜遗传多样性分析.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	茅云翔	中国海洋大学海洋生命学院海洋生物遗传与种质工程实验室	39	535	10.0	22.0
2	孔凡娜	中国海洋大学海洋生命学院海洋生物遗传与种质工程实验室	16	111	7.0	10.0
3	杨惠	中国海洋大学海洋生命学院海洋生物遗传与种质工程实验室	3	27	3.0	3.0
4	王莉	中国海洋大学海洋生命学院海洋生物遗传与种质工程实验室	5	23	2.0	4.0
5	严兴洪	上海海洋大学农业部水产种质资源与养殖生态重点开放实验室	48	255	9.0	13.0