草莓EST-SSR标记开发及在品种遗传多样性分析中的应用

• 作者: 宋长年 王西成 王静 葛安静 董清华 赵密珍
• 来源期刊: 中国农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 草莓 EST SSR 遗传多样性
• 年，卷（期）: 2011,（17）
• 所属期刊栏目: 园艺
• 页码范围: 3603-3612
• 分类号: S668.4
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2011.17.013

摘要

[目的]探讨草莓EST序列中SSR位点的分布规律,开发草莓EST-SSR引物,并分析其在草莓品种遗传多样性研究中的应用.[方法]从NCBI公共数据库下载草莓表达序列标签(expressed sequence tag,EST)55 750条,利用MISA软件查找SSR位点,并利用Primer3.0 Plus软件设计60对引物,通过非变性聚丙烯酰胺凝胶( PAGE)研究这些SSR引物的PCR扩增特点,并对部分扩增产物进行克隆和测序,以验证其真实性.[结果]55750条草莓EST序列含有SSR位点的序列1 334条,SSR位点1 490个.其中,二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复是最主要的SSR类型,分别占36.17％、26.51％和19.87％.60对引物中有42对引物能在20个草莓品种中扩增出理想的PCR产物,其中36对引物扩增条带具有多态性.利用11对验证的EST-SSR引物分析了20个草莓品种的亲缘关系.[结论]草莓EST-SSR标记的开发对于草莓品种鉴定与遗传多样性分析具有重要应用价值.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	赵密珍	江苏省农业科学院园艺研究所	123	1382	20.0	32.0
2	董清华	北京农学院植物科学技术学院	33	339	12.0	17.0
3	葛安静	北京农学院植物科学技术学院	5	64	3.0	5.0
4	王静	江苏省农业科学院园艺研究所	32	419	11.0	19.0