梨EST-SSR标记的开发及其在梨品种遗传多样性分析中的应用评价

• 作者: 上官凌飞 乔玉山 姜淑苓 房经贵 曹玉芬 王西成 章镇
• 来源期刊: 中国农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 梨 EST SSR 遗传多样性
• 年，卷（期）: 2010,（24）
• 页码范围: 5079-5087
• 分类号: S6
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2010.24.012

摘要

[目的]分析梨EST中SSR位点分布规律,开发梨EST-SSR引物,探讨EST-SSR用于梨品种遗传差异研究的可行性.[方法]从NCBI公共数据库中下载梨表达序列标签(expressed sequence tag,EST)1293条,利用MISA软件对其进行SSR位点查找,将符合条件的序列选出,利用Primer3.0 Plus软件设计48对引物,通过非变性聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)研究这些SSR引物的PCR扩增特点,并对部分扩增产物克隆与测序,以验证其真实性.[结果]1 293条梨的EST序列中含有SSR位点的序列为82条,SSR位点92个.二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复是最主要的SSR类型,分别占48.91%、17.39%和17.39%.48对引物中有31对引物能扩增出理想的PCR产物,其中27对引物扩增条带具有多态性.同时发现11对引物中,有83.87%的片段具有相应的SSR位点.聚类结果表明,梨被明显地区分成东方梨和西方梨两大群,分类效果明显.[结论]梨EST-SSR标记开发效率较高,是梨SSR标记开发的重要措施,对于梨品种的鉴定与遗传多样性分析具有重要应用价值.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	章镇	南京农业大学园艺学院	286	5756	35.0	58.0
2	上官凌飞	南京农业大学园艺学院	37	426	13.0	20.0
3	房经贵	南京农业大学园艺学院	194	3087	29.0	47.0
4	乔玉山	南京农业大学园艺学院	82	1302	22.0	33.0