沙打旺EST-SSR分子标记开发及其遗传多样性分析

• 作者: 刘希强 宫文龙 王赞 赵桂琴 韦宝 马琳 龚攀
• 来源期刊: 草业学报
• 关键词: 沙打旺 EST-SSR 转录组 遗传多样性
• 年，卷（期）: 2019,（11）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 147-158
• 页数: 12页
• 字数: 7202字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11686/cyxb2018802

摘要

沙打旺是一种高产优质、抗逆性强的多年生异花授粉豆科牧草,但分子标记的缺乏限制了其在遗传育种等方面的研究和利用.本研究旨在开发大量沙打旺EST-SSR分子标记,为沙打旺种质改良和遗传多样性分析提供参考资源.首先利用De novo转录组测序技术对两个沙打旺种质(CF019650,CF020070)进行RNA-seq测序,并对测序数据进行拼接获得总长度为190587631 bp的151516个unigenes.进一步在其中的30262个unigenes中检测到39163个EST-SSR位点,SSRs分布频率为25.85％.其中6635(21.93％)条unigenes含有两个及以上SSR位点,复合SSRs有3514个(11.61％).对所有EST-SSR位点进行引物设计,共得到22367对特异性引物.利用两个沙打旺种质(CF019650,CF020070)对随机合成的100对引物进行初步筛选,其中90对可扩增出目的特异性条带.随机选择其中51对引物对27个沙打旺种质的遗传多样性进行评估,结果表明:51对引物的平均等位基因数、平均多态性信息含量(PIC)、平均期望杂合度(He)和平均观测杂合度(Ho)分别为8.750、0.682、0.719和0.730.主成分及聚类分析结果揭示不同生态型(匍匐或直立)沙打旺种质的遗传分布具有明显的种质特异性,且聚类结果与其地理来源之间具有较高的相关性.新开发的EST-SSR分子标记可促进沙打旺遗传改良和基因组学研究,有助于沙打旺分子标记辅助育种、QTL定位和遗传变异分析.