一种基于最少片段删除模型重建单体型的粒子群优化算法

• 作者: 吴璟莉 王建新 陈建二
• 来源期刊: 高技术通讯
• 学科: 工学
• 关键词: 单核苷酸多态性 单体型 最少片段删除 粒子群优化 编码
• 年，卷（期）: 2009,（2）
• 所属期刊栏目: 资源环境与生物技术
• 页码范围: 194-199
• 页数: 6页
• 分类号: TP3
• 字数: 6169字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3772/j.issn.1002-0470.2009.02.015

摘要

利用最少片段删除(MFR)模型研究了个体单体型重建的算法.利用单核苷酸多态性(SNP)位点杂合率低的特性,引入了一种短粒子编码方式,提出了一种重建单体型的粒子群优化算法P-MFR.利用国际人类基因组单体型图计划发布的CEPH样本(祖籍是北欧或西欧的美国犹他州人)中60个个体在1号染色体上的单体型进行实验分析,实验结果显示,与以往求解MFR模型的算法相比较,P-MFR算法能够获得更高重建率的单体型.此外,由于采用了较短的粒子位置编码方式,P-MFR算法在重建长单体型时仍具有较高的执行效率,有很好的实用价值.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王建新	中南大学信息科学与工程学院	371	3185	23.0	39.0
2	陈建二	中南大学信息科学与工程学院	167	1535	20.0	30.0
3	吴璟莉	中南大学信息科学与工程学院	33	224	7.0	14.0