水稻β-淀粉酶基因密码子使用特性分析

• 作者: Bennett John 廖登群 张洪亮 李自超
• 来源期刊: 中国农业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 水稻 β-淀粉酶 密码子使用偏好 进化 GC含量
• 年，卷（期）: 2009,（5）
• 所属期刊栏目: 农业科学
• 页码范围: 1-11
• 页数: 11页
• 分类号: S511.032
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1007-4333.2009.05.001

摘要

本研究分析了水稻10个β-淀粉酶基因(OsBmy1～OsBmy10)在cDNA和蛋白质上的同源性,分析了每个基因反映密码子使用特性的参数--GC含量、同义密码子第1～3位置中的GC含量、有效密码子数和相对同义密码子使用度.结果表明:水稻β-淀粉酶家族基因序列间的同源性差异较大,在cDNA和蛋白质序列上的基因同源性分别为39.2～79.6和25.9～74.0,其中,OsBmy3和OsBmy9间的同源性最高;OsBmy3、OsBmy4、OsBmy5、OsBmy7、OsBmy9和OsBmy10等为高GC含量基因,并表现出极强的密码子使用偏好.可见,水稻β-淀粉酶基因在进化过程中不仅氨基酸组成发生了分化,而且其在氨基酸密码子使用偏好上也发生了分化.