丹参EST序列中SSR信息的分析及分子标记的建立

• 作者: 万德光 严铸云 宋杰 张琦 杨新杰 王菁 陈新 马云桐
• 来源期刊: 世界科学技术-中医药现代化
• 学科: 医学
• 关键词: 丹参 EST SSR信息 分子标记
• 年，卷（期）: 2009,（1）
• 所属期刊栏目: 中药研究
• 页码范围: 58-63
• 页数: 6页
• 分类号: R2
• 字数: 3117字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-3849.2009.01.015

摘要

本文对从NCBI下载的鼠尾草属11747条EST序列(其中,丹参10228条)进行分析,搜索到含SSR的序列1911条,共含有SSR 2156个,出现频率为18.35%.在丹参EST-SSR中,核苷酸重复基元种类共77种.单核苷酸重复最多,出现频率为10.45%,二、三核苷酸的出现频率为3.72%、4.40%.三核苷酸重复中ACG/CTG为主要类型,占27.3%.共设计引物143对,合成13对(其中,丹参6对,Salvia fruticosa7对),在对引物、dNTP、MgCl2进行测试后,建立了合适的PCR反应体系.引物筛选发现7对引物(丹参6对,S.fruticosa 1对)对丹参基因组DNA均有良好的扩增,并对11个不同产地丹参样品进行扩增均呈现良好的多态性.本研究结果证明根据丹参EST资源建立丹参EST-SSR标记是可行的.