基于不同算法的Motif预测比较分析与优化

• 作者: 张斐 谢竞博 谭军
• 来源期刊: 计算机工程
• 学科: 工学
• 关键词: 转录因子结合位点 motif预测 算法比较
• 年，卷（期）: 2009,（22）
• 所属期刊栏目: 软件技术与数据库
• 页码范围: 94-96,99
• 页数: 4页
• 分类号: TP311.12
• 字数: 3505字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-3428.2009.22.032

摘要

研究转录因子结合位点(TFBs)的主要预测模型及其预测的算法,通过基于调控元件预测的3种代表性的算法MEME、Gibbs采样和Weeder预测拟南芥基因组.比较结果表明,Gibbs采样算法和Weeder算法预测长、短motif效率较高.重点分析MEME算法,提出结合不同算法查找motif的优化方法,并以实验验证该方法能有效提高预测效率.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	谭军	重庆邮电大学生物信息学院	13	316	5.0	13.0
2	谢竞博	重庆邮电大学计算机科学与技术学院	2	76	2.0	2.0
3	张斐	重庆邮电大学计算机科学与技术学院	1	13	1.0	1.0