高等植物液泡加工酶VPE家族的生物信息学分析

• 作者: 修林春 张炜
• 来源期刊: 南京农业大学学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 拟南芥 水稻 液泡加工酶 细胞程序性死亡(PCD) 生物信息学
• 年，卷（期）: 2010,（3）
• 页码范围: 19-25
• 分类号: Q349|Q943
• 字数: 4223字
• 语种: 中文

摘要

利用已经分离的植物液泡加工酶(vacuolar processing enzyme,VPE)蛋白家族的Peptidase_C13结构域序列为检索序列,对拟南芥和水稻中的VPE家族成员进行序列分析,同时利用所有成员的氨基酸序列构建系统进化树,并对其中的保守序列以及信号肽区段和亚细胞定位进行了分析.结果表明:1)结合同源序列的搜索和结构域的鉴定,最终在拟南芥和水稻中确定了8个和13个VPE,其中2个拟南芥和11个水稻VPE成员为首次报道;2)蛋白系统进化分析表明,该基因家族的基本特征在拟南芥和水稻分离之前就已经形成;3)多序列联配以及MEME分析表明,Peptidase_C13结构域在VPE家族成员间高度保守;4)亚细胞定位分析表明,VPE成员定位于细胞中的不同特定位置,定位于液泡中的占多数.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张炜	南京农业大学生命科学学院	47	261	9.0	14.0
2	修林春	南京农业大学生命科学学院	1	3	1.0	1.0