虾夷扇贝外套膜和肾脏组织cDNA文库构建以及EST的初步分析

• 作者: 傅立元 刘卫东 刘莹 李云峰 李宏俊 李文姬 王健 赫崇波 高祥刚 鲍相渤
• 来源期刊: 中国水产科学
• 学科: 生物学
• 关键词: 虾夷扇贝 cDNA文库 免疫相关基因 EST-SSR
• 年，卷（期）: 2010,（3）
• 所属期刊栏目: 研究简报
• 页码范围: 578-585
• 分类号: Q959.215
• 字数: 5188字
• 语种: 中文

摘要

利用SMART cDNA文库构建试剂盒首次构建了健康虾夷扇贝(Mizuhopecten yessoensis)外套膜和肾脏2种组织的cDNA文库.2个文库容量分别为2.30×106 CFU/mL和1.20×106 CFU/mL,重组率均超过98%,平均插入片段长度均大于1 kb,文库质量符合标准要求.将随机选取的4009个克隆进行5'端测序,得到3 884个有效序列(外套膜923个,肾脏2961个),测序成功率96.9%.经过质量控制和拼接,共得到2007条单基因簇(Unigenes),包含363个序列重叠群(Contigs)和1644条单一序列(Singletons).通过BLASTx和BLASTn搜索比对,共有659个Unigenes(外套膜157个;肾脏502个)获得了基因注释(Ee-5),占Unigene总数的32.84%.对Unigene的功能和分类进行了初步分析,发现多种与免疫相关的基因,如凝集素、超氧化物歧化酶、溶菌酶、大防卫素等.利用SSRIT在线工具对2007条Unigene查找微卫星,发现有69个EST中含有微卫星序列,其中40个可以用于引物设计.虾夷扇贝cDNA文库的成功构建,为进一步的EST分析、功能基因的表达和克隆、多态性EST-SSR的筛选以及虾夷扇贝分子遗传学研究、种质资源评价和分子选育等奠定了基础.