文蛤肠、外套膜和肝胰脏组织cDNA文库构建及其ESTs序列分析

• 作者: 傅立元 刘卫东 宋文涛 李云峰 王健 赫崇波 高祥刚 鲍相渤
• 来源期刊: 中国水产科学
• 学科: 农学
• 关键词: 文蛤 cDNA文库 表达序列标签 微卫星标记
• 年，卷（期）: 2010,（2）
• 所属期刊栏目: 研究简报
• 页码范围: 344-350
• 页数: 7页
• 分类号: S959
• 字数: 3907字
• 语种: 中文

摘要

利用SMART cDNA文库构建试剂盒构建了文蛤(Meretrix meretrix)肠、外套膜和肝胰脏组织的cDNA文库.经测定原始文库滴度分别为2.10×10~6、1.70×10~6和1.60×10~6,重组率高于95%,肠组织文库插入片段长度均大于1 000bp,外套膜和肝胰脏组织文库的插入片段长度大于1 kb的占87.5%,文库质量符合标准要求.随机选取文库的3 168个克隆进行5'端测序,获得高质量表达序列标签(Expressed Sequence Tags,ESTs)3029个(肠:1 005,外套膜:1 019,肝胰脏:1 005),测序成功率95.58%.经质量控制和拼接得到1 796个单基因簇(Unigene),其中306个叠联群(Contigs),1 490个单一序列(Singletons).通过Blastx搜索比对、查询和注释分析,共得到已知基因696个(肠:216,外套膜:235个;肝胰脏:245个),占总数38.75%.在1 796个单基因簇(Unigene)发现微卫星序列55条,这些存在微卫星位点的序列占整个ESTs数据库的3.1%.