1型星状病毒上海分离株基因组序列测定及分析

• 作者: 冯兴 华修国 商晓桂 崔立 朱建国 杨志彪 杨莲茹 郭伟
• 来源期刊: 中华微生物学和免疫学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 星状病毒 1型基因型 进化树分析
• 年，卷（期）: 2010,（1）
• 所属期刊栏目: 病毒学
• 页码范围: 23-26
• 页数: 4页
• 分类号: R3
• 字数: 3221字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.issn.0254-5101.2010.01.008

摘要

目的 了解上海地区腹泻患儿感染的星状病毒基因组分子结构特点和基因型.方法 用RT-PCR方法分段扩增星状病毒基因组,克隆于pMD18-T载体上,测定序列并拼接,用MEGA、DNAStar软件对所得序列进行分析.结果 本次分离株基因组全长6807 bp,命名为HAstV-SH,提交到GenBank上的序列号为FJ375759,有3个开放阅读框架,非结构基因ORF1a、ORF1b共长4290 bp,位于基因组83～4372 nt之间;编码结构蛋白的ORF2基因全长2364 bp,位于基因组4764～6727 nt之间.与GenBank中星状病毒ORF2基因组序列同源性比较发现,HAstV-SH与1型星状病毒核苷酸同源性最高(97%),与其他基因型的同源性为63%～70%.结论 上海地区儿童感染的星状病毒HAstV-SH属于1型星状病毒,与日本分离株AB009985亲缘关系较近,氨基酸同源性为97.5%.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	朱建国	上海交通大学农业与生物学院	103	607	13.0	20.0
2	华修国	上海交通大学农业与生物学院	155	1291	18.0	27.0
3	杨志彪	上海交通大学农业与生物学院	33	184	9.0	12.0
4	崔立	上海交通大学农业与生物学院	75	540	15.0	20.0
5	杨莲茹	内蒙古农业大学动物科学与医学学院	57	476	13.0	18.0
6	郭伟	上海交通大学农业与生物学院	26	150	7.0	11.0
10	商晓桂	上海交通大学农业与生物学院	4	39	3.0	4.0
14	冯兴		1	1	1.0	1.0