2008至2009年北京地区分离的肠道病毒71型全基因组序列分析

• 作者: 张慧娟 张艳玲 朱汝南 王芳 赵林清 邓洁 邓莉 钱渊
• 来源期刊: 中国循证儿科杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 手足口病 肠道病毒71型 全基因组 序列分析 儿童
• 年，卷（期）: 2011,（1）
• 页码范围: 23-30
• 分类号: R72
• 字数: 5436字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1673-5501.2011.01.004

摘要

目的 了解2008至2009年从北京地区手足口病(HFMD)患儿分离到的肠道病毒71型(EV71)全基因组序列特点(未包括多聚腺苷尾),以探讨基因序列的改变是否与病毒的致病性有关.方法 选取首都儿科研究所病毒研究室2008年分离到的5株EV71毒株和2009年分离到的4株EV71毒株,其中4株来源于重症HFMD患儿(伴高热、持续抽搐及意识丧失等中枢神经系统症状), 5株来源于轻症HFMD患儿.设计覆盖病毒全基因组的10对特异性引物,对9株EV71毒株进行RT-PCR扩增、全基因组序列测定和分析.结果 9株EV71毒株的全基因组长度为7 406 bp或7 405 bp,部分毒株在5′UTR存在1处1个碱基的缺失.9株EV71毒株的全基因组核苷酸和氨基酸同源性分别为96.3%～99.4%和98.2%～99.6%,在VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为96.9%～99.9%和98.3%～100.0%.重症HFMD来源的4株毒株中有3株在VP2蛋白第144位及3D聚合酶(3Dpol)第140和263位同时出现相同的氨基酸变异(T144S、 R140K和I263V),并且在5′UTR区第208和254位同时出现相同的碱基变异(G208A和A254G).9株EV71毒株的全基因组与C4亚型毒株具有最高的核苷酸同源性,在VP1区为94.3%～95.5%;在3D及3′UTR区与CV-A16/G10的同源性(84.3%～85.0%和89.0%～91.5%)高于与EV71-B型、A型及C型(C1～3、C5)的同源性.VP1和3D基因的遗传进化分析显示,9株EV71毒株与C4亚型毒株属同一分支.结论 VP2蛋白第144位氨基酸突变(T→S)、3Dpol第140和263位氨基酸突变(R→K和I→V)及5′UTR区第254位碱基突变(A→G)可能与EV71感染后引起的不同临床症状有关.根据VP1核苷酸序列,2008至2009年北京地区流行的EV71属于C4亚型;非结构蛋白基因在EV71进化中可能有一定的作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	朱汝南	首都儿科研究所病毒研究室	49	694	14.0	25.0
2	邓洁	首都儿科研究所病毒研究室	54	828	15.0	28.0
3	赵林清	首都儿科研究所病毒研究室	37	362	10.0	18.0
4	钱渊	首都儿科研究所病毒研究室	93	1074	15.0	29.0
5	王芳	首都儿科研究所病毒研究室	46	569	12.0	23.0
6	张慧娟	首都儿科研究所病毒研究室	2	32	2.0	2.0
7	邓莉		1	23	1.0	1.0
8	张艳玲		1	23	1.0	1.0