1株肠道病毒71型南京分离株的全基因组序列的测定及遗传进化分析

• 作者: 周晋 曹喜华 曹彤 陈红兵
• 来源期刊: 江苏大学学报（医学版）
• 学科: 医学
• 关键词: 手足口病 肠道病毒71型 序列分析
• 年，卷（期）: 2014,（4）
• 所属期刊栏目: 检验医学
• 页码范围: 312-315
• 页数: 4页
• 分类号: R373.25
• 字数: 2837字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13312/j.issn.1671-7783.y140159

摘要

目的:对肠道病毒71型(enterovirus 71,EV71)南京分离株EV71-NJ2012全基因组核苷酸序列进行测定,并与基因库中的代表性序列进行分析比对.方法:登录基因库,选取不同国家和地区的EV71全基因组序列,设计8对覆盖病毒整个基因组且首尾部分重叠的引物,采用RT-PCR扩增出8个基因片段,通过测序和拼接获得全基因组序列,并与国内外其他EV71分离毒株一起用MEGA 4.0软件进行进化树分析,用DNAStar进行同源性分析.结果:EV71-NJ2012株的基因组长度为7 404 bp,其中5'非编码区(UTR)长742 bp,3'UTR长82 bp,病毒基因组开放阅读框(ORF)全长6 582 bp,编码一个含有2 193个氨基酸残基的多聚蛋白.病毒序列在分型上属于C4a基因型,与上海株的核苷酸同源性最近,而与我国台湾、湖北等分离株的核酸序列差异较大.结论:EV71-N J2012株基因组的组成和结构符合肠道病毒特征,与上海株亲缘关系最近,而与我国台湾、湖北分离株的差异较为明显.EV71-N J2012株可能与上海株来源于EV71病毒株的同一种系.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	曹喜华	南阳医学高等专科学校第一附属医院麻醉科	12	17	2.0	3.0
2	陈红兵	南京医科大学附属南京儿童医院检验科	33	81	5.0	7.0
3	周晋	南京医科大学附属南京儿童医院检验科	13	40	4.0	5.0
4	曹彤	南京医科大学附属南京儿童医院检验科	11	36	4.0	5.0