山东省肠道病毒71型分离株SDLY11全基因组序列分析

• 作者: 司鲁莹 温红玲 王东旭 王志玉 袁晓晶 许洪芝 赵丽 高峰
• 来源期刊: 中国人兽共患病学报
• 学科: 医学
• 关键词: 肠道病毒71型 手足口病 系统进化分析 同源性分析 神经毒力
• 年，卷（期）: 2013,（3）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 232-236
• 页数: 5页
• 分类号: R373.2
• 字数: 3479字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/cjz.j.issn.1002-2694.2013.03.005

摘要

目的 了解2009年山东省临沂市分离的肠道病毒71型(EV71)分离株SDLY11的基因组序列特征,探讨病毒的神经毒力候选位点.方法 自手足口病患者的粪便标本中分离EV71,采用一步法RT-PCR对病毒株基因组进行全序列扩增,运用DNAstar 和MEGA 4软件进行序列分析.结果 SDLY 11基因组全长为7 405 nt,其中5′非编码区(UTR) 742 nt,3′UTR 84nt,中间为6 579 nt的开放阅读框架(ORF),编码2 193个氨基酸的多聚蛋白.VP1区及全基因组序列系统进化分析表明SDLY 11位于EV71病毒C4亚型的分支,同源性分析显示SDLY 11与安徽阜阳株同源性最高.序列比对结果发现,CNS累及HFMD患者病毒株在5′UTR区出现了两处核苷酸位点的突变(T40C、C575T),在VP2区第144位出现了氨基酸的突变(T144S).结论 SDLY 11分离株属EV71病毒C4亚型.5′UTR区的两处突变(T40C、C575T)及VP2区的一处突变(T144S)可能与病毒的致神经毒力作用有关.