三种人参属植物的EST-SSR信息分析及其在三七中的应用

• 作者: 崔秀明 张金渝 杨维泽 杨美权 沈涛 金航
• 来源期刊: 基因组学与应用生物学
• 学科: 生物学
• 关键词: 人参属 三七 EST-SSR
• 年，卷（期）: 2011,（1）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 62-71
• 分类号: Q939.5
• 字数: 4722字
• 语种: 中文

摘要

为了解人参属植物EST中SSR分布特点及其在三七SSR标记中的应用,利用生物信息学方法,用primer3软件对dbEST数据库中人参属植物人参、西洋参和三七的EST序列进行搜索,发现人参属植物EST-SSR出现频率为11.54%,平均每4.39kb出现1个SSR。人参属植物单核苷酸重复基元占主导地位,其次为三核苷酸重复基元和二核苷酸重复基元,分别占总SSR的54.48%、17.31%和16.36%。人参属EST-SSR的优势类型为A/T和AT/TA,分别占54.73%和8.21%。根据人参属植物EST中的SSR设计48对引物,在合适的PCR扩增体系下,用5个三七样品的DNA为模板进行PCR扩增,引物有效扩增率85.42%,其中多态性引物占可扩增引物的70.73%。结果表明,利用人参属EST序列开发三七EST-SSR标记是可行的。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨美权	云南省农业科学院药用植物研究所	37	210	9.0	12.0
2	崔秀明		36	422	14.0	20.0
3	沈涛	云南省农业科学院药用植物研究所	5	36	4.0	5.0
4	杨维泽		1	7	1.0	1.0
5	金航		1	7	1.0	1.0