布莱凯特黑牛PDSS1基因的克隆测序及生物信息学分析

• 作者: 张新浩 杨莉 柏学进 牛召珊 董雅娟 赵仕全
• 来源期刊: 中国畜牧杂志
• 学科: 农学
• 关键词: CoQ10 PDSS1 克隆测序 生物信息学 布莱凯特黑牛
• 年，卷（期）: 2013,（21）
• 所属期刊栏目: 遗传育种
• 页码范围: 14-18
• 页数: 5页
• 分类号: S823.2
• 字数: 4426字
• 语种: 中文

摘要

对布莱凯特黑牛PDSS1基因cDNA进行克隆测序,为进一步研究PDSS1基因与布莱凯特黑牛胴体内CoQ10含量、肉质性状等的相关性提供理论基础.针对Ensembl公布的牛(参照)PDSS1基因中11个外显子,设计9对引物,对布莱凯特黑牛基因组DNA进行PCR扩增、克隆测序;利用软件Lasergene 7.0拼接出PDSS1基因cDNA,提交至GenBank并进行生物信息学分析.结果表明:布莱凯特黑牛PDSS1基因cDNA全长1 574 bp,包括一个长1 257 bp的完整开放阅读框,编码418个氨基酸.PDSS1蛋白含5个跨膜区,信号肽由26个氨基酸组成,成熟肽由392个氨基酸组成.布莱凯特黑牛与牛(参照)、海福特牛、马、猪、犬、小鼠、黑猩猩、人在编码区核酸序列同源性依次为99.9％、99.8％、89.0％、83.1％、88.6％、81.1％、80.8％、80.9％;推导氨基酸序列的同源性依次为100％、99.8％、92.0％、81.8％、91.6％、79.0％、80.4％、80.7％.本试验成功克隆了布莱凯特黑牛PDSS1基因cDNA,并提交至GenBank(登录号:KC787698).布莱凯特黑牛与牛(参照)、海福特牛在PDSS1基因编码区的同源性极高,聚为一类;与马、犬、猪、小鼠、人、黑猩猩等物种的同源性相对低些.