牛和绵羊全基因组微卫星序列的搜索及其生物信息学分析

• 作者: 戚文华 杜联明 肖国生 蒋雪梅 黄小云
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 牛 绵羊 基因组 微卫星序列 生物信息学
• 年，卷（期）: 2013,（11）
• 所属期刊栏目: 遗传繁育
• 页码范围: 1724-1733
• 页数: 10页
• 分类号: S823|S826
• 字数: 6127字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2013.11.005

摘要

本研究利用MSDB v2.4搜索牛和绵羊全基因组中完整型微卫星序列,并对其进行生物信息学分析.牛基因组共统计了806 272个微卫星位点,其微卫星数量最多的是第1条染色体,其次是第2、3、4、5、6条染色体,数量较少的是第25和28条染色体.绵羊基因组共统计了682 891个位点,其微卫星数量最多的也是第1条染色体,其次是第2、3条染色体和X性染色体,数量较少的是第24、25、26条染色体.通过检验表明,牛和绵羊染色体长度与其所含微卫星数量具有高度正相关性(r＞0.80,P=0.000).牛和绵羊基因组中单碱基重复类型微卫星数量最多(45.33％ vs 44.42％),其次依次是二碱基＞三碱基＞五碱基＞四碱基＞六碱基重复类型.牛和绵羊基因组中微卫星重复拷贝类别数量较多的是A、AC、AT、AGC、ACG、AAC、AAT、AAAT、AAAC和AAAG,而其数量较少的是C、CG、AGT、CCG、ACT、AACG、AAGC、AACC、AACT、ACCG、AGCT、AGCG、CCGG和CCCG.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	黄小云	重庆三峡学院生命科学与工程学院	36	223	8.0	13.0
2	肖国生	重庆三峡学院生命科学与工程学院	69	215	8.0	11.0
3	蒋雪梅	重庆三峡学院化学与环境工程学院	19	72	5.0	8.0
4	戚文华	重庆三峡学院生命科学与工程学院	25	109	6.0	9.0
5	杜联明	四川大学生命科学学院四川省濒危野生动物保护生物学重点实验室	1	21	1.0	1.0