番茄PPR基因家族的鉴定与生物信息学分析

• 作者: 丁安明 孙亭亭 孙玉合 宗鹏 屈旭 李凌 李尊强 陈雅琼 龚达平
• 来源期刊: 遗传
• 关键词: 番茄 PPR基因家族 生物信息学
• 年，卷（期）: 2014,（1）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 77-84
• 页数: 8页
• 字数: 4997字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1005.2014.0085

摘要

PPR(Pentatricopeptide repeats)基因家族在植物中广泛存在,其在植物生长发育过程中至关重要.文章采用生物信息学方法,利用Pfam已鉴定的PPR保守结构域序列检索番茄(Solanum lycopersicum L.)基因组计划注释的蛋白序列,最终确定了番茄中可能存在的471个PPR编码基因; 根据拟南芥(Arabidopsis thaliana L.)中鉴定的各个结构域的特点对其进行了蛋白结构分析、分类和保守序列分析,并对番茄PPR基因家族进行了系统进化树构建、染色体定位、亚细胞定位预测、表达和GO分析等.结果表明:番茄PPR基因家族分为P和PLS两个亚家族,各占序列数目的一半,PLS亚家族又分为PLS、E、E+和DYW四类,且在进化树中形成不同的分支; 各个结构域在植物中非常保守; PPR基因家族分布在番茄12条染色体上,且多数无内含子结构; 大部分PPR蛋白具有线粒体或叶绿体定位序列,GO分析表明PPR蛋白参与RNA相关的生物学过程.