肺炎克雷伯菌JM45株全基因组测序分析

• 作者: 吴康乐 姜如金 孔海深 朱健铭 翁幸鐾
• 来源期刊: 中华临床感染病杂志
• 关键词: 克雷伯菌,肺炎 抗药性,多药 全基因组关联研究 β内酰胺酶类 碳青霉烯酶
• 年，卷（期）: 2014,（1）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 27-33
• 页数: 7页
• 字数: 5772字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.issn.1674-2397.2014.01.006

摘要

目的 探讨泛耐药肺炎克雷伯菌JM45株β-内酰胺酶基因的携带情况.方法 肺炎克雷伯菌JM45株分离自2010年4月浙江大学医学院附属第二医院重症监护病房患者的血液样本.采用E-test法检测该菌株对26种抗菌药物的敏感性,用Cica-β-Test法检测β-內酰胺酶,改良Hodge试验检测碳青霉烯酶表型,聚合酶链反应(PCR)、DNA测序以及BLAST比对等方法确定菌株耐药基因型,用Roche 454高通量测序技术对JM45株做全基因组测序(完成图),全面分析β-内酰胺酶基因携带状况.结果 除多黏菌素B和替加环素外,肺炎克雷伯菌JM45株对包括头孢菌素类、碳青霉烯类在内的其他24种药物均耐药.Cica-β-Test法显示该菌株同时产多种β-内酰胺酶,改良Hodge试验阳性.常规PCR法检出TEM-1、SHV-11、CTX-M-24、VEB-3基因,但未检出碳青霉烯酶基因和金属酶基因.全基因组测序得到一条完整的基因组(染色体)序列(GenBank登录号:CP006656)及两条质粒序列(GenBank登录号:CP006657,CP006658).在质粒1中发现了CTX-M-24(全基因组Locus tag:N559_5233)、TEM-1(全基因组Locus tag:N559_5242)和VEB-3(全基因组Locus tag:N559_5248).CTX-M-24位于插入序列中,排序为IS903-CTX-M-24-ISEep1;TEM-1位于转座子中,排序为tnpA-TEM-1-rmtB;VEB-3位于转座子中,排序为VEB-3-tnpA.在基因组(染色体)中发现了SHV-11(全基因组Locus tag:N559_2715),并发现4种推导的β-内酰胺酶基因或β-内酰胺酶结构域序列,分别为:(1)金属β-内酰胺酶结构域蛋白序列(全基因组Locus tag:N559_0119,长度为780 bp);(2)推导的β-内酰胺酶序列(全基因组Locus tag:N559_1633,长度为1 308 bp);(3)β-内酰胺酶结构域蛋白序列(全基因组Locus tag:N559_2279,长度为813 bp);(4)β-内酰胺酶结构域蛋白序列(全基因组Locus tag:N559_3769,长度为1 101 bp).在SHV-11基因的相邻位置未发现插入序列或转座酶基因.结论 肺炎克雷伯菌JM45株对头孢菌素类、碳青霉烯类等β-内酰胺类抗菌药物耐药与携带TEM-1、SHV-11、CTX-M-24、VEB-3四种β-内酰胺酶基因及四种推导的β-内酰胺酶基因或β-内酰胺酶结构域序列相关.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	朱健铭	杭州市余杭区中医院检验科	75	570	14.0	18.0
2	姜如金	杭州市余杭区中医院检验科	63	537	13.0	19.0
3	吴康乐	杭州市余杭区中医院检验科	55	436	12.0	17.0
4	孔海深	浙江大学医学院附属第一医院检验科传染病诊治国家重点实验室	64	439	12.0	17.0
5	翁幸鐾	宁波市第一医院检验科	74	555	11.0	20.0