大豆花叶病毒密码子使用及其进化分析

• 作者: 智海剑 王成坤 袁瑗 黄赛花
• 来源期刊: 大豆科学
• 学科: 农学
• 关键词: 大豆花叶病毒 密码子偏性 多元分析 进化
• 年，卷（期）: 2014,（6）
• 所属期刊栏目: 遗传育种·分子生物学
• 页码范围: 801-807
• 分类号: S565.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.11861/j.issn.1000-9841.2014.06.0801

摘要

对57个来自不同地区的大豆花叶病毒(SMV)分离物的基因组序列进行密码子使用偏性与进化分析.结果显示,SMV基因组GC含量较低;GC3＜ 50％,说明SMV偏好使用以A/T结尾的密码子;SMV基因组密码子3个位置的GC含量均相互呈极显著相关(P＜0.01),说明密码子3个位置的碱基组成相关;ENC值为49.42～51.78,密码子偏性存在但并不显著;对应性分析结果表明,第1轴显示67.84％的差异,ENC、GC3、GC12之间的相关性均达极显著水平(P＜0.01),说明密码子的偏性与碱基突变相关;中性绘图及ENC绘图分析均表明密码子使用模式主要受碱基突变影响;密码子使用频率比较结果显示SMV存在19个最优密码子;RSCU的聚类分析证明SMV密码子偏性与病毒地理来源相关.