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摘要:
大豆花叶病毒(soybean mosaic virus,SMV)外壳蛋白(coat protein,CP)是SMV基因组的结构蛋白,在SMV侵染大豆的过程中发挥着重要的作用.运用CUSP和CodonW等软件分析了大豆花叶病毒外壳蛋白的密码子的偏性,并与SMV基因组的密码子偏性进行了比较.结果表明,SMV CP偏好于以A/T结尾的密码子;与SMV基因组密码子偏性相比,发现只有8种氨基酸密码子偏性完全一致.ENC与GC3的相关性分析结果显示,CP的密码子使用偏好性受碱基组成等多种因素共同影响.聚类分析显示基于基因CDS序列的聚类结果与基于密码子偏性参数相对密码子使用度(RSCU)的聚类结果基本一致.通过分析CP密码子使用特性,为进一步研究其功能奠定基础.
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文献信息
篇名 大豆花叶病毒CP基因密码子使用偏性分析
来源期刊 中国油料作物学报 学科 农学
关键词 大豆花叶病毒 CP基因 密码子偏好性
年,卷(期) 2015,(2) 所属期刊栏目 遗传育种
研究方向 页码范围 148-153
页数 6页 分类号 S565.103|S435.651
字数 4134字 语种 中文
DOI 10.7505/j.issn.1007-9084.2015.02.004
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研究主题发展历程
节点文献
大豆花叶病毒
CP基因
密码子偏好性
研究起点
研究来源
研究分支
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引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
中国油料作物学报
双月刊
1007-9084
42-1429/S
大16开
湖北武昌徐东二路2号油料所内
38-13
1979
chi
出版文献量(篇)
2474
总下载数(次)
2
总被引数(次)
45489
相关基金
国家自然科学基金
英文译名:the National Natural Science Foundation of China
官方网址:http://www.nsfc.gov.cn/
项目类型:青年科学基金项目(面上项目)
学科类型:数理科学
论文1v1指导