大豆花叶病毒CP基因密码子使用偏性分析

• 作者: 任锐 何卓伟 智海剑 王成坤 袁瑗 黄赛花
• 来源期刊: 中国油料作物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 大豆花叶病毒 CP基因 密码子偏好性
• 年，卷（期）: 2015,（2）
• 所属期刊栏目: 遗传育种
• 页码范围: 148-153
• 页数: 6页
• 分类号: S565.103|S435.651
• 字数: 4134字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7505/j.issn.1007-9084.2015.02.004

摘要

大豆花叶病毒(soybean mosaic virus,SMV)外壳蛋白(coat protein,CP)是SMV基因组的结构蛋白,在SMV侵染大豆的过程中发挥着重要的作用.运用CUSP和CodonW等软件分析了大豆花叶病毒外壳蛋白的密码子的偏性,并与SMV基因组的密码子偏性进行了比较.结果表明,SMV CP偏好于以A/T结尾的密码子;与SMV基因组密码子偏性相比,发现只有8种氨基酸密码子偏性完全一致.ENC与GC3的相关性分析结果显示,CP的密码子使用偏好性受碱基组成等多种因素共同影响.聚类分析显示基于基因CDS序列的聚类结果与基于密码子偏性参数相对密码子使用度(RSCU)的聚类结果基本一致.通过分析CP密码子使用特性,为进一步研究其功能奠定基础.