基于相对密码子频率的芜菁花叶病毒基因组序列的进化分析

• 作者: 刘选明 周祎 易丽萍 李明福 谭钟扬 陈洪俊
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 芜菁花叶病毒 密码子偏性 聚类
• 年，卷（期）: 2010,（2）
• 页码范围: 142-146,149
• 分类号: Q51
• 字数: 2711字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2010.02.011

摘要

现有92株芜菁花叶病毒(TuMV)的全基因组序列已在GenBank报道,据分析报道其中58株不含重组序列.利用系统聚类法对92株TuMV的全基因组序列和58株TuMV全基因组序列的相对密码子频率RSCU值进行聚类分析.同时利用系统发育分析方法分析了这92株和58株TuMV全基因组序列.结果发现,92株芜菁花叶病毒株的密码子偏性聚类树与其系统进化树的一致度很低;而不含重组序列的58株芜菁花叶病毒株的密码子偏性聚类树与其系统进化树的一致度却非常高,且与寄生宿主类型基本对应.这表明在不存在重组的情况下,TuMV密码子频率的偏性可能是宿主内的一种选择压力,影响TuMV基因组的点突变进化方向,促使TuMV适应宿主内环境.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘选明		88	747	16.0	23.0
2	李明福		68	508	13.0	19.0
3	陈洪俊		49	477	12.0	18.0
4	谭钟扬		12	21	3.0	4.0
5	易丽萍		6	24	3.0	4.0
6	周祎		3	6	2.0	2.0