酵母核小体中心序列与连接序列的差异分析

• 作者: 周德良 尼玛达瓦 李宏 杨小希 郑燕
• 来源期刊: 内蒙古大学学报（自然科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 酵母基因组 核小体中心序列 核小体连接序列 k-mer相对使用频率 差异分析
• 年，卷（期）: 2015,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 168-176
• 页数: 9页
• 分类号: Q6|Q78
• 语种: 中文
• DOI: 10.13484/j.nmgdxxbzk.20150209

摘要

基于Brogaard等2012年给出的酵母全基因组单碱基精度的核小体定位图谱,从中提取出酵母基因组全部的核小体中心序列和连接序列.计算k-mer(k取4、5、6和8)在两类序列中的相对频率,分析两类序列中k-mer的使用差异.按照k-mer相对使用频率对数增序的方式排列模体,得到两类序列k-mer相对频率对数比的分布.结果显示模体长度越长两类序列的使用差异越明显,当k＞7以后差异分布逐渐稳定.按照中心序列8-mer相对频率增序的方式排列模体,发现在相对频率小于0.5的区域,两类序列的8-mer使用差异显著.分别计算了7个抽样点附近中心序列偏好的8-mer和连接序列偏好的8-mer的G+C含量和二核苷含量.结果显示两类序列模体的G+C含量随着相对频率的增大而逐步减小,中心序列更加偏好GC和CG二核苷,而连接序列更加偏好G-G二核苷和CC二核苷.这些主要的差异特征与实验分析结果一致.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李宏		160	656	14.0	18.0
2	杨小希		5	1	1.0	1.0
3	周德良		4	0	0.0	0.0
4	尼玛达瓦		2	0	0.0	0.0
5	郑燕		2	1	1.0	1.0