基于位置权重矩阵的核小体识别及功能分析

• 作者: 岁品品 崔颖 王宏 邢旭东
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 核小体定位 位置权重矩阵 基因功能富集分析
• 年，卷（期）: 2016,（1）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 1-6
• 页数: 6页
• 分类号: Q523
• 字数: 3868字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2016.01.01

摘要

为研究高通量的人类CD4＋T细胞的核小体定位模式，使用迭代算法对核小体定位模式进行分类，并利用位置权重矩阵方法分别构建稳定核小体定位序列、动态核小体定位序列和连接区序列模型，通过十倍交叉验证评估模型性能，并与Segal方法与弯曲度方法进行比较，发现位置权重矩阵方法在敏感性、精度和准确性方面都具有一定优越性。同时采用滑窗法在全基因组选取候选序列进行核小体识别，挖掘核小体定位相关基因，并进行基因生物学进程功能富集分析，发现稳定与动态核小体、真实与潜在核小体对应的基因所参与调控的生物学过程各有不同，但也有一些生物学过程为不同类别核小体所共有，例如对细胞内大分子的调控功能。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	崔颖	哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院	21	47	4.0	4.0
2	王宏	哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院	8	23	3.0	4.0
3	岁品品	哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院	1	2	1.0	1.0
4	邢旭东	哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院	1	2	1.0	1.0