RNA-Seq本地分析平台的构建

• 作者: 李江域 王小磊 王玉民 赵东升 陈胜
• 来源期刊: 生物技术通讯
• 学科: 生物学
• 关键词: RNA-Seq 高通量测序 生物信息学 分析平台
• 年，卷（期）: 2015,（2）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 211-214
• 页数: 4页
• 分类号: Q811.4
• 字数: 1997字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1009-0002.2015.02.013

摘要

目的：构建一个本地化的RNA-Seq数据处理分析平台，为RNA-Seq研究人员提供数据分析平台。方法：在调研现有的RNA-Seq数据分析研究成果的基础上，构建一套本地化的RNA-Seq分析平台，平台首先将测序数据中的低质量数据进行过滤，然后使用TopHat将过滤后的数据与参考基因组数据进行比对，利用比对结果进行可变剪切分析、基因差异表达分析等，最后通过R语言工具包对分析结果进行可视化绘图。结果：通过对2组小鼠的RNA-Seq测序数据进行分析，构建的分析平台能够较好地过滤低质量测序数据，并且分析出2组数据间的差异表达基因，同时还可以图形化表示这些差异表达基因。结论：分析平台能够实现对RNA-Seq测序数据的质量控制、差异表达分析及分析结果的可视化。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	赵东升	军事医学科学院卫生勤务与医学情报研究所	72	313	9.0	13.0
2	王玉民	军事医学科学院生物工程研究所	32	154	7.0	11.0
3	王小磊	军事医学科学院卫生勤务与医学情报研究所	15	29	3.0	4.0
4	李江域	军事医学科学院生物工程研究所	11	29	4.0	4.0
8	陈胜	军事医学科学院卫生勤务与医学情报研究所	1	5	1.0	1.0