生物信息学方法分析人肾细胞癌中潜在的miRNAs生物标志物和其调控的关键通路

• 作者: 刘敏 姚旭东 彭波 李伟 李晓宇 王光春 许云飞 郑军华 黄建华
• 来源期刊: 临床泌尿外科杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 肾细胞癌 生物信息学 miRNA 生物标记物 靶向治疗
• 年，卷（期）: 2015,（6）
• 所属期刊栏目: 实验研究
• 页码范围: 535-540
• 页数: 6页
• 分类号: R737.11
• 语种: 中文
• DOI: 10.13201/j.issn.1001-1420.2015.06.018

摘要

目的:通过对基因表达数据库(GEO)中肾细胞癌相关的基因及miRNAs进行生物信息学分析,获得肾癌相关的异常miRNAs和异常表达的生物标记物及其调控的关键通路.方法:利用GEO数据库获得肾细胞癌相关的基因表达谱大数据(GSE781,GSE6344),对肾癌和正常组织中的生物标记物表达数据进行差异性分析获得差异表达的miRNAs和其调控的mRNA;应用MiRanda公式及功能富集分析筛选异常的miRNAs,再运用基因功能分析方法(GO)进一步筛选获得肾细胞癌相关性miRNAs.结果:利用肾细胞癌相关的基因表达谱数据库分析,对两组肾癌组织和正常样本的生物标记物表达数据进行差异性分析,有437个差异表达基因下调而489个表达上调,其中两者包含104个相同的差异表达基因.应用MiRanda公式及功能富集分析筛选获得异常miRNA 10个,然后运用基因功能分析方法筛选获得肾癌相关性miRNAs,相关性较强的有miR-147a、miR-504-5p、miR-105-5p、miR-520g-3p和miR 2682-5p.结论:生物信息学方法对肿瘤的基因组的分析为发现潜在的miR-NAs生物标志物和其调控的关键通路提供了一个有利工具,我们目前发现的关键基因不仅是生物标记物,也可以在基因组大数据中寻找可能的研究切入点,为后续的肾癌生物学治疗奠定基础.