噬菌体 vB-EcoP-Bp4尾部蛋白基因的密码子使用偏性分析

• 作者: 任慧英 孙蓉蓉 孙虎芝 张灿
• 来源期刊: 动物医学进展
• 学科: 农学
• 关键词: 噬菌体 尾部蛋白 密码子偏性
• 年，卷（期）: 2016,（7）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 21-29
• 页数: 9页
• 分类号: S855.3
• 字数: 6067字
• 语种: 中文

摘要

为了解噬菌体vB-EcoP-Bp4(简称Bp4)尾部蛋白基因的密码子使用特性,利用生物信息学方法对 N4类噬菌体 Bp4的3个尾部蛋白基因 gp10、gp11、gp13与其他5株同源性较高的噬菌体进行密码子偏性分析。结果表明,噬菌体 Bp4尾部蛋白基因与其他5株噬菌体尾部蛋白基因密码子使用模式基本一致,偏爱以 A 或 U 的密码子结尾；除了 AUG(M)和 UGG(W)外,针对 Bp4的3个尾部蛋白基因 gp10、gp11、gp13分别确定了14种、17种及16种高频密码子。通过6株噬菌体尾部蛋白基因密码子偏性比较和聚类分析发现,Bp4可预测蛋白 gp10与 ECBP1最相近,尾丝蛋白 gp11 与 EC1-UPM、PhAPEC5较相近,而尾刺蛋白 gp13与 ECBP1、EC1-UPM 最相近。本研究发现噬菌体 Bp4尾部蛋白基因密码子使用的偏性结果与同源性高低相一致,将为进一步研究噬菌体 Bp4提供依据。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	任慧英	青岛农业大学动物科技学院	116	629	14.0	20.0
2	张灿	青岛农业大学动物科技学院	46	118	6.0	9.0
3	孙虎芝	青岛农业大学动物科技学院	8	16	2.0	4.0
4	孙蓉蓉	青岛农业大学动物科技学院	2	11	1.0	2.0