番茄YABBY基因家族的生物信息学分析

• 作者: 刘思源 刘智琛 孙婷 王傲雪 赵迎新 陈秀玲 陶金宝
• 来源期刊: 东北农业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: YABBY基因家族 番茄 生物信息学 进化分析 基因功能
• 年，卷（期）: 2017,（10）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 11-19
• 页数: 9页
• 分类号: S641.2|Q78
• 字数: 4761字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1005-9369.2017.10.002

摘要

YABBY基因家族是植物特有转录因子,与植物形态有关,在植物叶和花器官发育过程中起重要调控作用.试验在番茄基因组范围内鉴定出9个YABBY基因家族成员,分别位于第1、5、6、7、8、11和12号染色体.利用MEGA程序对番茄、拟南芥、大白菜和玉米YABBY基因家族作进化分析,进化树可分为四个亚组;利用GSDS程序分析基因结构保守性,显示SlYABBY基因内含子保守5～6个;MEME程序作基序分析,显示SlYABBY基序保守,经鉴定所有SlYABBYs均具有C2C2锌指结构域及YABBY结构域.运用plantCARE软件分析顺势作用元件发现,在番茄YABBY基因上游1 000bp序列中存在多个应答不同生物和非生物胁迫的顺式作用元件,且种类和数目不同,表明其作用于番茄生长发育和逆境胁迫过程.基因功能预测和蛋白-蛋白网络分析表明,番茄YABBY家族对根、茎、叶、花、蜜腺、心皮、胚珠等部位发育具有重要调控作用.番茄YABBY基因家族表达分析发现SlYABBY1、SlYABBY3和SlYABBY4在根、茎、花、叶及果实中均无表达,SlYABBY2和SlYABBY9表达具有较强组织特异性,为番茄YABBY基因功能研究提供参考.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王傲雪	东北农业大学园艺园林学院	79	525	12.0	18.0
2	陈秀玲	东北农业大学园艺园林学院	42	187	8.0	10.0
3	孙婷	东北农业大学园艺园林学院	5	11	2.0	3.0
4	刘思源	东北农业大学园艺园林学院	3	8	2.0	2.0
5	刘智琛	东北农业大学园艺园林学院	1	6	1.0	1.0
6	陶金宝	东北农业大学园艺园林学院	1	6	1.0	1.0
7	赵迎新	东北农业大学园艺园林学院	1	6	1.0	1.0