丹参WRKY家族成员TRANSPARENT TESTA GLABRA2(TTG2)基因克隆与生物信息学分析

• 作者: 杨树 王喆之 陈尘
• 来源期刊: 陕西师范大学学报（自然科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 丹参 SmTTG2 生物信息学分析 表达模式
• 年，卷（期）: 2017,（4）
• 所属期刊栏目: 生命科学
• 页码范围: 79-86
• 页数: 8页
• 分类号: Q943.2
• 字数: 6132字
• 语种: 中文
• DOI: 10.15983/j.cnki.jsnu.2017.04.344

摘要

从丹参转录组数据库中克隆得到丹参WRKY家族成员TRANSPARENT TESTA GLABRA2(TTG2)基因(命名为SmTTG2(Genbank注册号: KC161227)),该基因包含一个长为1 425 bp的完整开放读码框,编码475个氨基酸,DNA水平上包含3个内含子.序列分析显示,SmTTG2编码蛋白具有2个WRKY结构域和C2H2结构,属于I类WRKY家族成员,并且与黄瓜、怪柳等物种WRKY44高度相似.软件预测SmTTG2相对分子量为51.28 kDa,等电点为8.58,且其在胞内不稳定,不具跨膜结构.利用DNA步移技术克隆获得SmTTG2基因5′侧翼区序列,分析结果显示该区域除了含有TATA box和CAAT box外,还包含应答环境因子和植物激素的、调节植物发育的顺式作用元件以及MYB转录因子结合位点.实时荧光定量PCR结果表明,SmTTG2基因在丹参花中表达量最高,且随着花期显示出逐步增高的趋势;另外SmTTG2基因的表达伴随丹参种子萌发过程,提示SmTTG2基因可能参与种子的发育和萌发过程.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王喆之		10	89	6.0	9.0
2	杨树		1	0	0.0	0.0
3	陈尘		2	12	1.0	2.0