基于高通量测序的平均核苷酸一致性在1株弗朗西斯菌鉴定中的应用

• 作者: 屈平华 张磊 朱庆义 柴海云 王亚 邓光远 郑敏玲 陈茶
• 来源期刊: 临床检验杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 西班牙弗朗西斯菌 平均核苷酸一致性分析 菌种鉴定
• 年，卷（期）: 2017,（7）
• 所属期刊栏目: 临床实验研究
• 页码范围: 499-502
• 页数: 4页
• 分类号: R446.5
• 字数: 2994字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13602/j.cnki.jcls.2017.07.05

摘要

目的 对一溺水性肺炎患者血液标本中分离的弗朗西斯菌(编号Wenzhou1)进行菌种鉴定.方法 采用Illumina二代测序平台2000/miSeq系统对实验菌株进行高通量测序,MicrobeTrakr Plus软件对测得的全基因组草图进行序列拼接.在GenBank数据库中,对实验菌株的16S rRNA基因、mdh基因、rpoB基因和sdhA基因序列进行NCBI BLAST分析,获得与实验菌株遗传关系接近的近缘菌种信息.Java 8运行环境,OrthoANI软件对实验菌株和近缘菌种进行全基因组序列NCBI BLAST搜索和全基因组平均核苷酸一致性(average nucleotide identity,ANI)分析.结果 测得的弗朗西斯菌Wenzhou1的基因组大小为1.96×106 bp,含74个重叠群(contigs).基因组G+C mol％为32.1％,与其他弗朗西斯菌和另弗朗西斯菌一致.GenBank数据库NCBI BLAST分析结果显示,Wenzhou1的16S rRNA基因、mdh基因、rpoB基因和sdhA基因序列与西班牙弗朗西斯菌FSC454和“土拉弗朗西斯菌新凶手亚种”3523最为近缘.ANI分析显示,实验菌株Wenzhou1与西班牙弗朗西斯菌FSC454的ANI为97.8％,与“土拉弗朗西斯菌新凶手亚种”3523的ANI在97.5％～97.6％之间,而与土拉弗朗西斯菌的4个亚种的ANI在91.3％～91.5％之间.结论 基于全基因组序列的ANI分析是一种准确和有效的菌种鉴定方法.Wenzhou1可明确鉴定为西班牙弗朗西斯菌.