成骨不全环状RNA生物信息学分析

• 作者: 任秀智 刘军龙 左清利 张遥 王延宙 苏学利 韩金祥 马翔 鲁艳芹
• 来源期刊: 中国骨质疏松杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 成骨不全 miRNA circRNA 靶基因 信号通路 生物信息学预测
• 年，卷（期）: 2017,（4）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 431-436
• 页数: 6页
• 分类号: R681
• 字数: 2983字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1006-7108.2017.04.003

摘要

目的 对成骨不全血清中差异表达的miR-21、miR-26a、miR-29a、miR-29b、miR-30e、miR-34c、miR-133a、miR-145、miR-210、miR-489与miR-1297等共11种miRNAs进行circRNAs及其靶基因的预测,同时分析其与circRNAs及靶基因间的相互作用.方法 采用starbase软件对11种差异性表达miRNAs相关circRNAs进行预测,将得到的miRNA-circRNA进行频数分布分析并通过cytoscape软件进行网络分析寻找核心分子.采用miRWALK软件对11种差异性表达miRNAs相关靶基因进行预测,将得到的miRWALK-靶基因进行频数分布分析并通过cytoscape,DAVID软件进行网络分析寻找核心分子.结果 Starbase软件对11种不同miRNAs所预测的靶circRNAs的总数量为222个,非重叠circRNAs为141个.其中MIB1_hsa_circ_ 000886,MIB1_ hsa_circ_002013,CPNE1 _hsa_circ_000657,CYP4F3_hsa_circ_001395,KIAA1586_hsa_circ_001439与其中4种miRNA相互作用.另有14个circRNAs与3种miRNA相互作用.miRWALK软件对11种不同miRNAs所预测的靶基因中CNOT6、ELF2、NAV3等基因在不同数量级数据库中与相应不同种miRNAs作用密切.通过对11种miRNA相应circRNA以及靶基因生物学预测分析得到YES1基因与miR-133a、miR-145以及FAT1_hsa_circ_000713与LMNB2_hsa_circ_001499之间存在相互作用.PPP2CA与miR-29a、miR-29b、miR-133a以及KIAA1586_ hsa_circ_001439之间存在相互作用.NTN4和SRGAP1与miR-26a、miR-145以及RFC1_hsa_circ 001649之间存在相互作用.结论 本研究对成骨不全血清中差异表达的11种miRNAs及其相互作用的circRNAs、靶基因与相关信号通路进行了网络分析与预测,为进一步分析之间相互作用奠定了基础.