玉米中绒毡层发育调控基因ZmUdt1克隆的生物信息学分析

• 作者: 何欢 刘伟 吕庆雪 宋广树 张建新 张志军 高嵩
• 来源期刊: 华北农学报
• 学科: 农学
• 关键词: ZmUdt1基因 玉米 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2018,（1）
• 页码范围: 52-59
• 页数: 8页
• 分类号: Q78|S513.03
• 字数: 4836字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7668/hbnxb.2018.01.009

摘要

为了研究玉米中绒毡层发育调控基因Udt1的功能与作用,进行生物信息学分析,通过利用Udt1基因培育雄性不育的玉米新品种,来提高杂交种纯度和种质质量并缩短育种年限.该试验采用已知的水稻 OsUdt1基因(AY953870.1)为参考序列,使用同源克隆的方式在玉米基因组中得到同源性最高的基因BT068494.1(GenBank),并利用生物信息学方法预测该基因的各级结构以及生物学功能等,同时使用MEGA 7.0程序软件构建分子系统进化树.ZmUdt1基因位于玉米的第2条染色体上,ZmUdt1蛋白由219个氨基酸构成,蛋白的相对分子量为24.48 ku,等电点为5.35,属于亲水蛋白;主要由α-螺旋与无规则卷曲构成二级结构,其三级结构与水稻OsUdt1蛋白的三级结构基本一致,属于HLH超级家族,没有信号肽以及跨膜结构;亚细胞定位预测该蛋白位于细胞核中的可能性较大;通过预测,该蛋白具有翻译、复制与转录、转录调控信号转导等功能,具有17个磷酸化修饰位点,而是否具有其他功能尚没有确定.系统进化树表明,玉米与水稻、高粱等物种遗传距离最近,且与拟南芥的DYT1蛋白也有一定的遗传相关性.通过预测和比较,ZmUdt1和OsUdt1蛋白在结构和功能上具有极高的相似性.研究结果可为进一步研究ZmUdt1蛋白的功能与作用,以及创新玉米的雄性不育系提供理论依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘伟		13	27	3.0	5.0
2	张志军		10	20	4.0	4.0
3	张建新		10	15	3.0	3.0
4	宋广树		8	6	2.0	2.0
5	何欢		4	3	1.0	1.0
6	高嵩		5	3	1.0	1.0
7	吕庆雪		5	3	1.0	1.0