桑氏链霉菌KJ40全基因组测序及分析

• 作者: 张博阳 朱天辉 李姝江 王莹 谯天敏 韩珊
• 来源期刊: 微生物学通报
• 关键词: 桑氏链霉菌 基因组 基因注释 次级代谢 比较基因组分析
• 年，卷（期）: 2018,（4）
• 所属期刊栏目: 微生物功能基因组研究
• 页码范围: 805-818
• 页数: 14页
• 语种: 中文
• DOI: 10.13344/j.microbiol.china.170382

摘要

[背景]桑氏链霉菌(Streptomyces sampsonii) KJ40是一株具有防病、促生多重功能的放线菌,有作为生物农药的潜力.目前还没有相关研究报道S. sampsonii全基因组序列,这限制了其功能基因、代谢产物合成途径及比较基因组学等研究.[目的]解析S. sampsonii KJ40的基因组序列信息,以深入研究该菌株防病促生机制及挖掘次级代谢产物基因资源.[方法]利用Illumina HiSeq高通量测序平台对KJ40菌株进行全基因组测序,使用相关软件对测序数据进行基因组组装、基因预测和功能注释、预测次级代谢产物合成基因簇、共线性分析等.[结果]基因组最后得到9个Scaffolds和578个Contigs,总长度为7261 502 bp,G+C％含量平均为73.41％,预测到6605个基因、1 260个串联重复序列、804个小卫星序列、67个微卫星序列、90个tRNA、9个rRNA和19个sRNA.其中,2 429、3 765、2 890、6 063和1 911个基因分别能够在COG、GO、KEGG、NR和Swiss-Prot数据库提取到注释信息.同时,还预测得到21个次级代谢产物合成基因簇.基因组测序数据提交至NCBI获得GenBank登录号:LORI00000000.S. sampsonii KJ40与Streptomyces coelicolor A3(2)、Streptomyces griseus subsp. griseus NBRC 13350三株链霉菌基因组存在翻转、易位等基因组重排,3个基因组共有1711个蛋白聚类簇.[结论]研究为从基因组层面上解析KJ40菌株具有良好促生防病效果的内在原因提供基础数据,为深入了解链霉菌次级代谢合成途径提供参考信息,对S. sampsonii后续相关研究具有重要意义.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	朱天辉	四川农业大学林学院	167	1369	19.0	26.0
2	李姝江	四川农业大学林学院	48	189	9.0	11.0
3	韩珊	四川农业大学林学院	34	182	8.0	12.0
4	谯天敏	四川农业大学林学院	37	157	8.0	10.0
5	张博阳	四川农业大学林学院	3	8	1.0	2.0
6	王莹	四川农业大学林学院	7	6	1.0	2.0