基于花授粉算法的蛋白质网络功能模块检测方法

• 作者: 冀俊忠 吴红岩
• 来源期刊: 山东大学学报（工学版）
• 学科: 工学
• 关键词: 蛋白质相互作用网络 功能模块检测 花授粉算法 自花授粉 异花授粉
• 年，卷（期）: 2018,（1）
• 所属期刊栏目: 机器学习与数据挖掘
• 页码范围: 21-30
• 页数: 10页
• 分类号: Q811.4|TP301.6
• 语种: 中文
• DOI: 10.6040/j.issn.1672-3961.0.2017.291

摘要

揭示未知蛋白质功能是后基因时代蛋白质组学中的核心内容之一,运用群集智能思想识别蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction network,PPIN)中的功能模块已经成为该领域的一个研究热点.提出一种基于花授粉算法(flower pollination algorithm,FPA)的蛋白质相互作用网络功能模块检测方法(FPA for functional module detection in PPIN,FPA-FMD).采用随机游走的方式对种群中的每个花粉进行编码,并利用花授粉算法特有的自花授粉和异花授粉机制优化种群,其中自花授粉采用重组策略和取优策略,异花授粉采用基于Levy机制的变异策略和基于差异度的自适应变异策略,4种策略分别从不同角度推进了种群的进化.在3个公共数据集上的仿真试验表明:与其他6种经典算法相比,本研究提出的算法的整体性能优良而且在F度量和准确度两项综合指标上具有绝对优势.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	冀俊忠	北京工业大学信息学部多媒体与智能软件技术北京市重点实验室	58	626	14.0	23.0
2	吴红岩	北京工业大学信息学部多媒体与智能软件技术北京市重点实验室	1	1	1.0	1.0