肾透明细胞癌基因表达谱芯片的生物信息学分析

• 作者: 何朝辉 何烨 卢泽潮 唐福才 李志标 雷汉祺 黄伟娜
• 来源期刊: 现代泌尿生殖肿瘤杂志
• 关键词: 肾透明细胞癌 差异基因 信号通路 关键基因
• 年，卷（期）: 2018,（4）
• 所属期刊栏目: 临床研究
• 页码范围: 201-205
• 页数: 5页
• 字数: 2915字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3870/j.issn.1674-4624.2018.04.003

摘要

目的 利用生物信息学的方法分析肾透明细胞癌(ccRCC)相关基因功能富集、通路及关键基因的临床意义.方法 从TCGA和GEO下载ccRCC的RNA测序数据和芯片数据,利用R语言筛选出差异基因.然后利用metascape进行通路和功能富集,利用STRING网站和Cyto-scape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,同时从PPI网络中筛选出关键基因.最后利用OncoLnc网站对CCL5、TYROBP、LILRB2和MMP9做生存分析.结果 总共筛选出660个差异基因,这些差异基因与白细胞迁移、细胞黏附调节和免疫应答正调节等通路密切相关.在PPI网络中,得到两个意义显著的功能模块和15个关键基因.在这15个关键基因中,CCL5、TYROBP、LILRB2和MMP9表达的高低与ccRCC患者的生存率明显相关.结论 通过对ccRCC基因表达谱芯片的生物信息学分析发现,CCL5、TYROBP、LILRB2和MMP9基因可能在ccRCC的发生发展过程中起重要作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	唐福才	广州医科大学附属第一医院泌尿外科 广东省泌尿外科重点实验室	4	8	2.0	2.0
2	何朝辉	广州医科大学附属第一医院泌尿外科 广东省泌尿外科重点实验室	8	7	2.0	2.0
3	雷汉祺	广州医科大学附属第一医院泌尿外科 广东省泌尿外科重点实验室	4	3	1.0	1.0
4	李志标	广州医科大学第三临床学院	3	3	1.0	1.0
5	卢泽潮	广州医科大学第一临床学院	3	3	1.0	1.0
6	黄伟娜	广州医科大学第三临床学院	3	3	1.0	1.0
7	何烨	广州医科大学第一临床学院	1	1	1.0	1.0