蔓花生PEPC基因家族的生物信息学分析

• 作者: 冯兰兰 涂嘉琦 甘璐 袁良兵 黎茵
• 来源期刊: 热带亚热带植物学报
• 关键词: 花生 磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶 基因家族 生物信息
• 年，卷（期）: 2018,（2）
• 所属期刊栏目: 植物生理与分子生物学
• 页码范围: 107-115
• 页数: 9页
• 字数: 3932字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11926/jtsb.3804

摘要

为了解花生中磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶(phosphoenolpyruvate carboxylase, PEPC)的功能,对二倍体祖先种野生蔓花生(Arachis duranensis)基因组数据库进行分析,发现存在9个AdPEPC基因家族成员,这些基因的序列长度为3584~12956 bp,开放阅读框(ORF)长度为702~3168 bp,分布在3、5、7、8、9、10号染色体上.蔓花生AdPEPC家族蛋白的氨基酸序列中均含有HCO3-结合位点和PEP结合位点等保守结构域,根据序列特征可分为植物型、细菌型和序列较短的PEPC等3类, 同类蛋白序列的同源性较高,基因结构中的内含子与外显子的数目也较相似.基因表达分析表明,多数成员在花或茎中的表达量较高,AdPEPC1;2和AdPEPC4;2在茎中的表达量最高,其他家族成员尤其是AdPEPC2、AdPEPC1;5和AdPEPC1;3在花中的表达量明显高于其他组织,AdPEPC1;5基因在叶中不表达.AdPEPC3在根、茎、叶和花中均不表达,推测该基因为假基因.这为深入研究AdPEPC家族基因的功能奠定了基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	涂嘉琦	广东省热带亚热带植物资源重点实验室中山大学生命科学学院	1	1	1.0	1.0
2	甘璐	广东省热带亚热带植物资源重点实验室中山大学生命科学学院	1	1	1.0	1.0
3	冯兰兰	广东省热带亚热带植物资源重点实验室中山大学生命科学学院	1	1	1.0	1.0
4	袁良兵	广东省热带亚热带植物资源重点实验室中山大学生命科学学院	1	1	1.0	1.0
5	黎茵	广东省热带亚热带植物资源重点实验室中山大学生命科学学院	2	24	1.0	2.0